En 1327, alors que la chrétienté est divisée entre l'autorité du pape Jean XXII et celle de l'Empereur Louis IV du Saint-Empire, l'ex-inquisiteur Guillaume de Baskerville se rend dans une abbaye bénédictine, située entre la Provence et la Ligurie, accompagné par son novice Adso qui est le narrateur de l'intrigue. Dans un climat de conflit théologique entre les franciscains et l'autorité pontificale au sujet de la pauvreté du Christ – servant avant tout de façade au conflit politique entre le pape et l'empereur – l'ancien inquisiteur doit reprendre sa charge à la demande de l'abbé, à la suite de la mort suspecte d'un des moines. Rapidement, ce que beaucoup semblaient considérer comme un suicide prend des allures de plus en plus inquiétantes. Lorsque l'inquisiteur dominicain Bernardo Gui se rend à l'abbaye à la demande du pape, et commence à se mêler à l'enquête, cela est loin d'arranger les choses.

Le Nom de la rose est une histoire en sept chapitres, chiffre symbolique qui représente le nombre de jours et d'étapes de l'enquête ainsi que le nombre approximatif de morts. L'histoire est bornée par le récit de la découverte du manuscrit que l'auteur prétend traduire, et par les conclusions du narrateur devenu vieillard.